阴茎起小水泡原因如下：一、如果在日常不注意生理卫生，可能阴茎部位就会被细菌感染，而引起小水泡，可通过抗感染的外涂药物进行治疗，比如夫西地酸软膏；二、如果水泡为淡红色的丘疹，并且逐渐形成溃疡，可能为生殖器疱疹，主要与不洁的性生活有关，应当进行抗病毒治疗，将阴茎以及包皮内部清洗干净后，可外涂阿昔洛韦乳膏治疗。在治疗期间，注意生理卫生，避免性生活，防止引起交叉感染。