疫苗案主犯可以判3~5年有期徒刑，这种行为会构成非法经营的，需要追究相应的刑事责任，若存在涉案情节特别严重的情形，可以对行为人处5年以上有期徒刑，并按照违法所得出1~5倍的罚金。