阴茎上长小水泡考虑是阴茎疱疹，也可能是阴茎囊肿。阴茎疱疹是疱疹病毒感染引起疼痛不适，需要抗病毒治疗。阴茎囊肿，囊肿壁里面有液体像水泡一样。如果囊肿的体积比较小可以暂时的观察，囊肿的体积比较大对阴茎造成压迫，可以手术将囊肿切除。做完手术之后，一定要注意预防手术后的感染，而且定期要进行复查，看病情的恢复情况。