肛门疼痛的原因有很多，常见的有以下几种：一、如果患者既往行肛肠手术，术后出现肛门直肠狭窄，用力排便时，粪便会堵塞肛门，引起局部裂伤导致疼痛。二、如果患者长期的便秘，排大便不通畅，有时直肠下段将水分吸干以后形成粪石，用力排便时导致肛裂的形成，也会引起肛门疼痛。三、如果患者存在肛乳头炎，肛乳头瘤脱出肛门不能还纳，局部肿胀淤血，有时还会导致肛门疼痛。还有一种原因，如果患者存在肛门失禁，粪便及黏液流至肛周皮肤，并发湿疹，形成放射状的皲裂，有时也会表现为肛门周围疼痛。