滴虫性阴道炎的患者主要的治疗药物为硝基吲唑类药药物，患者通常为全身用药，初次治疗可以选择甲硝唑单次口服或者是替硝唑口服的治愈率可以达到百分之90到95%，服用甲硝唑的患者在服药后12到24小时内要避免哺乳，服用替硝唑的患者服药后三日内要避免哺乳。由于阴道毛滴虫是可以通过性接触进行传播的，所以性伴侣要同时进行治疗，而且在没有治愈前要避免无保护的性行为。由于滴虫性阴道炎的患者再次感染率很高，所以最初感染的三个月内要进行追踪复查。