导致精子少的原因很多，一方面可能是睾丸产生精子数少，患者表现为生精功能低下，另一方面则可能是精道的部分阻塞或部分性逆行性射精所致。首先是内分泌疾病，如垂体功能不足、性腺功能低下等，影响下丘脑垂体睾丸轴的功能。精索静脉曲张，有关资料统计，24%至39%的少精症是由精索静脉曲张引起的。免疫因素，自身免疫可影响精子的发生，还能造成精子输出的阻断。生殖道感染也是少精症的一个重要原因，如急性睾丸炎及慢性附睾炎。染色体异常，包括Y染色体微缺失、精母细胞的减数分裂障碍、染色体易位与其它结构畸变，都可引起少精症。隐睾，隐睾中生殖细胞数量减少，导致精子生成减少。还有理化因素及药物影响，有辐射、杀虫剂、工业化学用品以及化疗等相关药物，还有营养缺乏及全身性疾病以及高温等影响。