阴茎上长小水疱要考虑两种疾病，一种就是生殖器疱疹病毒感染，另一种就是各种荨麻疹。生殖器疱疹病毒感染，主要就是由于不洁的性交，接触到有生殖器疱疹病毒，就会在阴茎上有红斑、丘疹、米粒样的水疱。呈带状分布，并且有明显的疼痛感。治疗主要就是清洗干净后，局部涂抹抗病毒治疗的药膏，比如阿昔洛韦乳膏，也可以配合口服抗病毒治疗的药物。治疗期间，吃清淡饮食，不吃辛辣刺激食物，不喝酒。各种荨麻疹主要就是接触到过敏原，引起皮肤过敏性，或者是蚊虫叮咬后出现的一种病变。在阴茎上会有丘疹、丘疱疹，同时会有瘙痒等。严重情况会出现比较多的水疱，可以口服抗过敏治疗的药物，比如扑尔敏。也可以局部用硼酸洗剂冷敷，通过这样的治疗，多数都会明显改善。