肛门直肠尖锐湿疣主要是根据病情对症治疗。对于肛门直肠尖锐湿疣来说，如果刚开始发作，疣体的体积不是特别大，而且是单发，完全可以通过腐蚀性药膏来使疣体脱落，但是在涂抹的时候一定要注意，避免损伤正常皮肤和组织。临床上常用的比如鬼臼毒素或者氟尿嘧啶软膏。如果肛门尖锐湿疣数量较多，但体积不是特别大，完全可以通过物理治疗的方法，比如电刀烧灼、激光去除还有冷冻。对于疣体特别大的建议是手术切除。当然以上的种种治疗方法，基本上都需要术后配合干扰素或者抗病毒治疗。