肝胆外科主要疾病有肝脏的疾病，包括肝脏的良性肿瘤以及恶性肿瘤。有肝脏的血管瘤，肝囊肿以及肝脓肿。肝脓肿具体的又分为细菌性肝脓肿以及阿米巴性肝脓肿。恶性肿瘤，包括肝细胞癌以及胆管细胞癌，也有一部分是肉瘤，比如说血管瘤肉瘤变。还有就是发生于肝内胆管的结石，包括有胆总管的结石以及肝内胆管扩张之后继发出现的结石，很多病人也会合并有胆囊结石。另外，胆囊的疾病还包括恶性疾病，主要是胆囊癌，还有就是胆囊息肉，胆囊息肉也很容易出现恶变。也有一些病人是发生于肝外胆管系统的肿瘤，主要是胆管癌，可以发生于上段，也可以发生于壶腹部位，通常也会有黄疸等症状。