引起左肾囊肿的病因非常复杂，通常认为与年龄增长、长期透析或肾小管疾病以及感染密切相关。临床上很多肾囊肿病人的年龄比较大，在老年患者中发病率较高，而且肾小管堵塞等其它疾病，会影响到肾小管的压力，从而增加患肾囊肿的可能。如果肾脏长期缺血时也容易出现左肾囊肿。此外，肾囊肿的发生还与各种外界因素损伤肾脏有关，比如长期接触化学药品、农药、毒物以及辐射、环境污染等等。这些因素有可能引起基因突变，从而导致肾囊肿的发生。