卵巢囊肿的发生可能与以下原因有关。1、遗传因素。在卵巢囊肿的发生原因中，遗传因素占了很大一部分。尤其是属于肿瘤性质的卵巢囊肿，具有比较明显的家族高发现象。2、感染因素。如果女性的盆腔内发生了急性感染，形成了输卵管卵巢脓肿，但是没有能够将其彻底治愈，就可能逐渐转变成输卵管卵巢囊肿。3、子宫内膜异位症。因为手术造成的创伤或者是月经期发生了性行为，都有可能使子宫内膜移位、种植到卵巢的部位，导致子宫内膜异位症，引起卵巢巧克力囊肿。