肠结核的治疗目的是消除症状，改善全身情况，促使病灶愈合以及防治并发症。强调早期治疗，因为肠结核早期病变是可逆的，在抗结核药出现之前肠结核的预后较差、死亡率高。抗结核药在临床广泛应用以后，肠结核的预后已经大为改观。它的治疗主要分以下四点：第一，休息和营养，可以加强患者的抵抗力，这是治疗的基础。第二，使用抗结核药物是本病治疗的关键，药物的选择、用法、疗程和肺结核的治疗一样。第三，对症治疗，腹痛可以使用抗胆碱能药物，摄入不足或腹泻严重者要注意纠正水电解质和酸碱平衡的紊乱，对于不完全性肠梗阻的患者需要进行胃肠减压。第四，手术治疗，适应症包括完全性肠梗阻、急性常穿孔、慢性肠穿孔瘘管形成，经内科治疗而未能闭合者，肠道大量出血经积极抢救不能有效止血者，诊断困难需要剖腹探查者。