肠结核通常是由于人体其他部位的结核疾病，比如肺结核，盆腔结核，肾结核等，经过血液蔓延到肠道而发病的，主要是人型结核分枝杆菌引起。部分患者是可能通过经口感染而导致的，由于患者患有开放性肺结核或者喉结核，因经常吞下含结核分枝杆菌的痰液而引起疾病，经常和开放性肺结核患者密切接触，也可以被感染。另外肠结核也可以由血行播散引起，见于粟粒性结核或有腹腔内结核病灶，比如女性生殖器结核，直接蔓延引起。一旦诊断成立，一定要正规的治疗。