肺囊肿轻者可对症、保守治疗；严重者可手术，亦可维持治疗。肺囊肿是良性病变，但随着囊肿增大及反复感染，可加重肺功能损害并继发曲霉菌感染、出血、甚至癌变，内科治疗仅能改善症状，故应尽早手术治疗。手术方式依病变部位、范围大小和囊肿数目而决定。局限一叶行肺叶切除术；分布右侧两叶多发者行复合肺叶切除术；多发性囊肿累及一侧全肺，呈蜂窝状毁损者行全肺切除术；位于纵隔者行囊肿摘除。摘除时要注意囊肿与邻近器官的关系，应将囊壁彻底切除。如与食管或气管支气管有通道相通，应将通道切除，并修补食管或气管支气管。