眼睛结膜炎的治疗，原则是眼部治疗为主，全身治疗为辅。眼部治疗主要是指眼部使用药物和眼部冲洗，为主要的治疗方法。眼部使用的药物，目前主要有眼药水、眼凝胶以及眼膏等剂型。临床上根据结膜炎的具体原因，选择相应的抗细菌、抗病毒以及抗过敏的药物等，例如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液、色苷酸钠滴眼液、妥布霉素地塞米松滴眼液以及氮卓斯汀滴眼液等。具体的需要通过临床医生的检查确定它的具体原因，而选择相对应的药物。眼部的局部冲洗主要使用生理盐水，冲洗眼部的异常分泌物、异物等，保持眼部清洁的环境，促进药物到达病变的部位，提高药物的疗效。尤其是针对腺病毒性结膜炎，可能存在假膜的情况，需要去除假膜而达到提高药物的疗效的效果。全身治疗为辅是指针对超急性的细菌性结膜炎等严重的病人，需要全身使用抗细菌的药物，来提高药物的疗效，尽快控制病情发展。一般来说，可以口服药物、静脉注射、静脉滴注、肌肉注射等。