结肠炎患者有时会腹部疼痛，主要是由于患者经常会排出黏液脓血便，有时排出大量牙膏样物质，内含坏死黏膜、浸润性炎症细胞和少许的黏液，有时会刺激肠道引起腹部疼痛，腹痛轻者为隐痛，典型者为绞痛，常常位于左下腹和下腹部。如果结肠炎急性发作时，还会出现肠道痉挛，引起腹部疼痛。如果结肠炎患者并发中毒性巨结肠，引起急性结肠扩张，肠壁变薄，容易并发肠穿孔，肠内容物流至腹腔脓液，导致弥漫性腹膜炎，从而也会引起腹部疼痛剧烈，出现腹部压痛、反跳痛以及肌紧张的临床症状。