肠结核的治疗关键是应用抗结核药物，通常还需要辅助一般治疗，例如休息以及营养，可以增强患者的抵抗力，是治疗的基础。同时如果合并有腹痛，可以应用抗胆碱类的药物，摄入不足或者因为腹泻导致水电解质紊乱，需要输液纠正。同时不完全性肠梗阻的患者还需要进行胃肠减压，如果患者出现完全性肠梗阻，急性肠穿孔，或者肠道大量出血不能有效止血者，还需要进行手术治疗。