在临床上慢性疲劳综合症发病原因及机理并不十分清楚，因此并没有有效的治疗措施。目前可以根据患者的发作症状进行对症治疗，另外结合抗病毒治疗，除此之外，也可以增强患者的免疫能力达到治疗目的，由于患者情况不同，有的也可通过抗抑郁治疗以及心理治疗提高病情的恢复速度。目前可以根据患者情况进行肌注血清免疫球蛋白帮助缓解慢性疲劳，有的患者也可选择抗抑郁药、干扰素等治疗。