先天性甲状腺功能低下症的患儿应该给予左甲状腺素钠替代治疗，一般是从小剂量开始，逐渐加量至完全能够替代的剂量。先天性甲状腺功能低下的患儿要终身服用左甲状腺素钠，使其甲状腺激素的水平与正常的孩子一样，这样对孩子的发育才能正常。先天性甲状腺功能低下主要是由于家族遗传因素，或者是甲亢的母亲在妊娠期间没有得到明显控制，或者是还要甲减的患者，即甲减孕妇在怀孕期间没有积极治疗，都可以导致患者出现先天性甲状腺功能低下症。但是，现在对于这部分患儿可以做到早期诊断、早期治疗，因为孩子一出生就可以扎足跟血，以测试患儿是否发生了甲状腺功能低下，如果发生立即给予治疗。