腹泻时引起小肚子疼的原因主要见于：1、病原体感染，主要见于急性肠炎，不洁的饮食导致大量的病原体如细菌、病毒、寄生虫以及真菌等进入肠道，导致肠道黏膜的充血、水肿，大量的炎性细胞浸润以及肠道黏膜的损伤，其病变部位主要在结肠，由于感染的刺激导致肠道平滑肌的痉挛会出现小肚子痛，同时伴有肛门下坠感。2、非特异性炎症，主要见于溃疡性结肠炎以及克罗恩病等，由于该类疾病导致结肠黏膜多发溃疡形成甚至出血等，刺激结肠而出现小肚子疼的现象，同时会伴有黏液脓血便。3、腹部受凉，如腹部保暖不好，吸入大量的冷空气等，导致肠道平滑肌痉挛，可出现小肚子疼的现象，同时会伴有大便稀薄，排便后疼痛可减轻。