公诉案件在刑事诉讼审理过程中，如果被告人对适用简易程序有异议的，那么法院就不能适用简易程序审理该案件。

【法律依据】

《刑事诉讼法》第二百一十四条规定，基层人民法院管辖的案件，符合下列条件的，可以适用简易程序审判：

（一）案件事实清楚、证据充分的；

（二）被告人承认自己所犯罪行，对指控的犯罪事实没有异议的；

（三）被告人对适用简易程序没有异议的。人民检察院在提起公诉的时候，可以建议人民法院适用简易程序。