在清洗星月菩提的时候，首先用湿纸巾将表面的浅显污垢清洗干净，再放在温水中泡洗，还要用猪毛刷将每个部位都要刷洗干净，以利于上色均匀。之后用纸巾将表面擦干净后，置于阴凉避风的环境中晾干。

当星月菩提佛珠脏了的时候，首先将其放在温水中泡洗，以软化缝隙里面的残渣污垢，再用硬毛刷仔细刷洗表面的每个部位，之后换水浸泡，还要用手去不停的搅动，这样可以将里面的污垢清理出来。

将表面清洁干净后，将其放在干净的毛巾里仔细揉搓，这样可以达到很好的清洁效果，再将其放在阴凉避风的环境中晾干，但不宜直接放在强光下暴晒，否则内部结构里的水分会逐渐流失，从而出现干裂的现象。

等它完全干燥后，就可以放在手上盘玩，但在前期的时候，最好每天将其纱布上揉搓一段时间，以利于菩提更好的上色，若是嫌比较麻烦的话，可以在手上戴一个手套，这样也可以起到很好的清洁效果。