上海复大医院设有十二个重点专科：血管瘤特诊中心、甲状腺专科、耳鼻喉专科、妇科、中医失眠科、中医面神经科、泌尿外科、性疾病科、中医脑科、骨科、疝气科、下肢周围血管科、口腔科。