皖西学院建筑与土木工程系于2010年8月由原城市建设与环境系调整设立。各专业办学历史可追溯到1985年原皖西联合大学创办的土木工程专业和原城市建设与环境系，2005年创办的建筑学专业及2007年创办的给水排水专业。