收费方式会根据不同的项目和工作范围而有所不同。以下是一些常见的防水工程收费方式：

1.根据面积计费：以每平方米为单位进行收费，根据防水面积确定价格。

2.根据项目计费：根据工程的规模和复杂程度进行定价，包括材料费、人工费、设备费等。

3.根据工时计费：根据实际工作所需的时间进行计费，包括施工人员的工资、工作时间等。

4.综合计费：综合考虑面积、项目和工时等因素进行定价。

在确定收费方式时，还需考虑以下因素：

1.防水材料的质量和品牌：不同的防水材料价格差异较大，因此选择高质量的材料可能会导致较高的费用。

2.工程难度：防水工程的复杂程度和施工难度也会对收费产生影响。例如，高层建筑或特殊形状的建筑物可能需要额外的工作和材料。

3.工期要求：如果客户对工期有紧迫要求，可能需要进行加急施工，这可能会对收费产生影响。

最好的做法是与客户进行充分沟通，了解他们的需求和预算，然后根据具体情况进行收费。同时，应与客户签订合同，明确双方的权利和责任，以确保公平和合法的交易。