灰原哀确实对柯南有感情。在剧场版《名侦探柯南》第四部电影中，灰原哀曾委婉地向柯南表白，尽管她随后巧妙地掩饰了自己的情感，但这一行为表明了她对柯南的心意。此外，第335集中，灰原哀对柯南的感情也被其母亲察觉并传达给了柯南本人。这些情节都证明了灰原哀对柯南有着深厚的感情。

然而，也有观点认为，随着剧情的发展，灰原哀与柯南之间的关系逐渐从恋人般的情感转变为类似于战友的关系。这种转变可能是由于作者青山刚昌有意将故事引向其他方向，比如强调他们之间的合作而非私人情感。