间质瘤形成的原因，目前还不是特别清楚。通常认为间质瘤的产生是环境因素和遗传因素多种因素综合作用的结果，在导致间质瘤形成的过程中，遗传因素往往具有重要的影响，首先患有间质瘤家族史的人，发生间质瘤的概率要明显高于一般的人群，这也显示了间质瘤发病的遗传特性。在间质瘤的病人当中，可能会检测到一些染色体异常或者是多基因的变异，这都是导致间质瘤发生的一个基因学的基础。环境因素也可能会导致间质瘤的发生概率增加，尤其是发生在胃肠道的间质瘤，受到饮食因素的影响就会更加明显。如果在日常生活中经常食用霉变、腌制，或者熏烤类的食物，都可能增加间质瘤的患病几率，过多的摄入食用盐，也可能增加胃间质瘤的患病率。在经过熏制的鱼肉中，含有比较多的3,4-苯并芘成分，发霉的食物中会含有很多真菌毒素，腌制食物中会有亚硝酸盐类，这些物质都属于具有致癌特性的化学物质。