咳嗽时右锁骨疼有以下原因：一、肺部出现了问题。咳嗽严重了导致肺部感染，引发肺炎刺激到右锁骨或者肺部长有肿瘤压迫到了右锁骨产生的疼痛。二、右锁骨或者右锁骨周围的肋骨就有损伤。当咳嗽时震动引起的疼痛，可以做肺部和右侧锁骨CT，具体判断是哪里的病变引起的疼痛。如果是炎症刺激引起的，就要对症进行消炎治疗。如果是肿瘤的原因，就要考虑是否要进行手术切除。如果是锁骨本身的损伤，要进行理疗或者其他有助于锁骨损伤恢复的治疗方法。疼痛严重时，可以适当的服用止痛药用缓解症状，咳嗽比较频繁的时候，要配合止咳药物治疗。