男性出现尿道感染引起的原因主要是由于细菌、真菌、阴道毛滴虫等病原微生物在尿道黏膜形成定植引发的一系列症状，这是直接原因。间接的原因包括三大来源，第一是血行感染，第二是尿液的播散，第三是逆行感染。作为男性，这三种情况发生的概率都是基本相似的。身体其它部位的炎症可以通过血液的运转，将细菌等病原微生物转运至尿道形成炎症。泌尿系统的其它部位炎症，比如肾盂肾炎、输尿管炎症，膀胱炎症等等都可以将细菌等病原微生物通过尿液进行播散。会阴区的病原微生物可以通过尿道外口进入尿道，形成炎症。