患者的尿液呈咖啡色，考虑是由于泌尿系统出血引起的临床症状。尿液为咖啡色说明患者尿液中有可能存在大量的红细胞，通常是由于以下原因所导致的：第一、考虑为泌尿系统感染引起的症状，例如肾盂肾炎、肾脓肿、膀胱炎等。第二、考虑为泌尿系结石引起的症状，例如肾结石、膀胱结石、输尿管结石或者尿道结石，可能引发尿道出血，尿液呈咖啡色。第三、考虑为泌尿系统肿瘤，虽然比较少见，泌尿系统肿瘤也是导致患者尿液中出现红细胞的原因之一。上述是患者尿液呈咖啡色的具体原因分析，建议如果出现这种症状，应当及时到正规医院泌尿外科就诊，在医生指导下进行相关检查，明确诊断。