阴茎上起的小水疱最有可能是患了生殖器疱疹，又称为阴茎疱疹，在治疗方面包括一般疗法和抗病毒治疗，一般疗法主要是保持局部清洁、干燥，每天用等渗生理盐水清洗，疼痛的可以口服止痛药，并发细菌感染的可以外用抗生素软膏，比如百多邦、达维邦等。局部疼痛明显的，可以使用利多卡因乳膏或者是口服止疼药，抗病毒的治疗主要包括口服阿昔洛韦、泛昔洛韦以及伐昔洛韦。初发生殖器疱疹疗程一般是7-10天，复发性疱疹的疗程一般五天即可。由于疱疹属于性传播疾病，因此其性伴侣和配偶有必要也进行疱疹方面的检查，如果同时也患病应该一起进行治疗，以免反复交叉感染。