慢性咽炎的病因可以分为局部因素和全身因素。局部因素包括三点：第一、是急性咽炎反复发作所致。第二、可以是急性鼻鼻窦的疾病，以及上下呼吸道的慢性炎症反应，张口呼吸，以及炎性分泌物反复刺激咽部，或者是慢性的扁桃体炎，牙周炎等的影响。第三、与生活和工作的因素有关，可能是烟酒过度，经常喜欢吃辛辣刺激的食物。在生活和工作环境中有大量的粉尘或者接触有害性的气体，或者有过敏源的刺激，均可以引发慢性咽炎。除了局部因素，还有全身因素，如贫血，消化不良，胃食管反流，下呼吸道的慢性炎症，内分泌紊乱，维生素缺乏，免疫功能低下等均可以引发慢性咽炎。