肛瘘引起的疼痛，一般来说，可以由两种方法来处理，一种是积极的手术治疗，另外一种是积极的抗感染对症治疗。肛瘘这个疾病比较特殊，在非手术治疗情况下，基本上不可能完全自愈，只能够缓解症状或者是减少发作的频次，但是肛瘘在炎性发作时引起的肿胀、疼痛，可以积极的进行抗生素抗感染治疗，另外还可以进行温热水坐浴，比如说水里面添加高锰酸钾或者皮肤康洗液，也可以起到止痛消肿的功效。另外，对于肛瘘可以进行外科手术治疗，比如说肛瘘切除术、肛瘘切开术以及肛瘘挂线术，彻底治愈肛瘘也能够减轻疼痛，并使疼痛彻底缓解。