急性肠炎肚子疼应考虑应用抑制肠道蠕动和肠液分泌的药物，如阿托品，有助于止痛及止泻。同时应在疾病早期经验性选择敏感的抗感染药物。待细菌培养结果回示及时调整药物，选择更加敏感的抗感染药物治疗后，才有助于急性肠炎症状的缓解。急性肠炎一般在经过补液、饮食控制与充分休息后，短时间内可治愈。部分细菌感染者和寄生虫感染者可给予相应抗感染药物进行治疗。病毒治病者无特异治疗，主要是针对腹泻和脱水的对症支持治疗，病程常呈自限性。重症者需纠正酸中毒和电解质紊乱。