小肠套叠的治疗，可以行空气或造影剂灌肠治疗，也可以行手术治疗。一般情况下对于肠套叠时间比较短，一般状况良好，无明显脱水和电解质紊乱的，可在超声或X线的监测下进行空气灌肠或水溶性造影剂的灌肠。但是对于怀疑有肠坏死、腹膜炎以及灌肠治疗失败的婴幼儿患者，应急诊行剖腹探查术，对孩子进行手术。肠套叠引起的肠坏死或肠穿孔，可能会导致腹腔感染及全身炎症反应，就需要使用肠道致病菌的广谱抗生素联合抗厌氧菌药物治疗。