中药灌肠治疗溃疡性结肠炎也是在中医整体观念，以及辩证论治理论指导下而发挥作用的，具有个体化诊疗的特点。灌肠治疗主要用于溃疡性结肠炎活动期，以清热、化湿、解毒和化瘀、收敛、益阳为主，针对病变部位治疗有所偏重，溃疡性直肠炎，乙状结肠炎以中药保留灌肠治疗为主，也可以服以内服治疗，溃疡性左半结肠炎，全结肠炎口服中西医药，辅以肛门直肠滴注或者是仪器全结肠灌洗治疗。中药灌肠是中医治疗本病的优势特色，是中药直达病所，直接发挥消炎、去肿、愈疡的目的，显示了良好的效果。