心肌炎的确诊有赖于检出心内膜、心肌或心包组织内病毒、病毒抗原、病毒基因片段或病毒蛋白。心内膜心肌活检可确诊本病还有助于病情及预后的判断。因心内膜心肌活检有创，所以检查主要用于病情危重、治疗反应差、原因不明的病人。对于轻症病人，一般不作常规检查。