低热头疼最常见的原因就是病毒、细菌等致病微生物感染，引起的上呼吸道疾病。患者感染后会出现体温升高，导致脑部血管扩张，再加上毒素的刺激，而引起头疼的症状。患者往往还同时会伴有打喷嚏、流鼻涕，及全身肌肉酸痛等其它表现。急性鼻窦炎的患者，也会出现低热、头疼的症状。主要是因为鼻窦炎常常继发于上呼吸道感染，细菌或病毒的毒素刺激，以及鼻窦内的分泌物压迫神经末梢，从而引起头疼。除此以外，神经系统感染的患者，也会伴有低热、头疼的现象。比较常见的是结核性脑膜炎和病毒性脑炎等，这类患者还会有神经系统症状出现。