经常长口腔溃疡的原因不明，可能与免疫、遗传、感染、环境因素有关，还有可能由系统性疾病导致，如胃溃疡等。经常长口腔溃疡一般指的就是复发性口腔溃疡，也称为复发性阿弗他溃疡，是一种发病率较高的口腔黏膜疾病，其具体的发病原因到目前为止仍然没有完全明确，有可能与患者细胞免疫功能下降和T淋巴细胞亚群失衡有关，还有可能与遗传因素有关；细菌、病毒感染等也有可能诱发；长期不良的心理精神状态、食品添加剂以及营养失衡也与口腔溃疡的发病有关。系统性疾病比如上消化道溃疡、溃疡性结肠炎、肝胆疾病等也可能导致口腔溃疡反复发病。