患有肛门囊肿后，若发现囊肿有增大现象，已经有明显的疼痛和影响排便功能时，可以选择手术切除。肛门囊肿常见于皮脂腺囊肿以及浅表受到感染之后所激发的囊肿，肿胀明显，同时患者的排便功能会受到影响，会有排便困难或者便时疼痛的情况存在。如果这时再经受到刺激还会有大便出血的情况产生，从而影响患者的正常生活。其中最有效的治疗方式是选择手术切除，在经过麻醉之后，在肛门镜下进行局部囊肿的剥离。若是囊肿处在肛门口或者是肛周皮下时可以将其切开并且仔细地分离囊肿，不要有残留。手术之后首先要选择抗感染治疗，定期地在手术创口换药，治疗期间禁止烟酒和辛辣刺激性的食物，以免影响伤口愈合，饮食上多以流质和半流质食物为主，主要是为了避免出现大便干结排出不畅的情形，造成局部的伤口愈合不良。