小便后尿道疼的原因如下：一、尿道炎，由于尿道中存在致病菌，可能会刺激尿道粘膜导致尿道黏膜损伤，在排尿后出现明显的疼痛感。二、尿道结石，小便时由于尿液冲击导致尿道结石移动，便会对尿道黏膜造成损伤，引起尿道疼痛。三、尿道外伤，如果近期下体遭受外伤，导致尿道内黏膜损伤，可引起尿道疼痛现象。