脑部神经痛最多见的是三叉神经痛，三叉神经痛的原因分原发性和继发性两种。原发性指病因尚不完全清楚，有的认为原发性的三叉神经痛是由于某些原因压迫到了三叉神经、半月神经节到脑桥间的部分，所以导致了疼痛。还有一种学说认为，三叉神经的脊束核或者脑干有异常的放电而导致的疼痛，认为其实是感觉性的癫痫发作。继发性的原因主要包括多发性硬化、延髓空洞症，原发性或者转移性的颅底肿瘤都会引起三叉神经痛的情况。另一种常见的脑神经痛是枕神经痛，枕神经痛大多都有继发性的原因，比如有颈椎病、有转移瘤、有感染、扁桃体炎等，也有少部分原因是不清楚的。