肛瘘很难治愈，一旦确诊肛瘘应该准备手术治疗，以免因反复发作，病情加重后再手术，增加患者组织器官和功能的损伤。肛瘘的手术方法有很多，手术方式应根据病情定，无论选择何种手术方式，其原则是首先要保护肛门的功能，采取无痛微创整形的原则，尽可能少地损伤肛门括约肌，最大限度地保护肛管、括约肌的功能，以免出现肛门失禁。对于病情复杂的高位复杂肛瘘，再次手术不能完全避免损伤括约肌功能的情况下，应该允许患者在定期随访的前提下带瘘生存。不论采取何种方法，手术成败的关键在于准确寻找和处理内口，正确处理全部病灶，合理处理肛门括约肌，创口引流要通畅。肛瘘的非手术治疗包括调理排便，清洁肛门，适当用药。保守治疗的目的是为了减轻肛瘘的症状、减少肛瘘的发作，为肛瘘择期手术做准备。对于一些特殊类型的肛瘘，比如阿克罗恩病的肛瘘，积极治疗炎症性肠病，这类原发病也是非常重要的。