肾囊肿内有结石，患者应该在泌尿外科就诊治疗，可以进行腹腔镜下肾囊肿去顶减压术或者后腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，将肾囊肿去顶之后囊液用吸引器抽吸出体外，然后找到结石，可以将结石直接吸出，或者用钳子直接取出。很多患者囊肿内并非是结石，而是囊壁上出现钙化误认为是结石，因此在手术之前可以进行泌尿系ct检查，明确肾囊肿的大小，位置，以及囊壁是否有钙化。如果囊壁有钙化，也不用担心，属于正常的病理生理现象，只要在泌尿外科进行手术治疗即可。