头孢菌素常见的副作用有会继发血栓性静脉炎，尤其是在头孢噻吩使用后，发生率可以高达20%。还有一些不良反应副作用，包括局部的皮疹、嗜酸性粒细胞增多，以及药物热。过敏反应相对较严重的，可以表现为过敏性休克。部分患者打了头孢以后，会继发粒细胞减少，甚至溶血性贫血情况。对于大量的头孢使用，有可能会引起惊厥以及中枢神经系统功能损害。尤其是三代到四代头孢使用，有可能会激发肾功能减退的情况。头孢菌素也有可能会继发恶心、呕吐等胃肠道反应。所以在使用头孢菌素前，一定要严格的进行皮试，在使用过程中要严密观察是否存在药物副作用，一旦发生，要给予及时的停药。