肛肠囊肿最常见的治疗手法是手术治疗。如果症状较轻也可以选择使用药物进行治疗。肛肠囊肿属于感染性疾病，肛肠里会含有脓液，治疗的时候需要使用外科手法切开再进行排脓。治疗之后一定要注意好伤口的防感染工作，避免伤口出现感染的情况。做手术的时候最好一次找到病发口，这样就不用再去做二次治疗，能够很好的防止感染。