引起三个月的宝宝咳嗽原因很多，主要有：1.呼吸道感染，如病毒、细菌感染引起的急性咽喉炎、急性上呼吸道感染、支气管炎、肺炎等。因气道炎症会产生分泌物，导致气道不通畅，为通畅气道，孩子会通过咳嗽反射来清理气道分泌物。2.胃食管返流，小婴儿的胃呈水平位，胃容量较小，喷门口比较松弛，容易胃食管反流，返流出的胃内容物刺激咽喉部或呛入气管，均可引起咳嗽。3.呼吸道过敏，一部分过敏体质的宝宝，在接触冷空气、尘螨、花粉、动物毛发等过敏原或一些理化因素刺激后，导致气道敏感性增加，会出现咳嗽。