治疗肛门囊肿，应当积极的前往肛肠科就诊，行肛周彩超明确囊肿的位置以及大小，一旦明确，应当积极的行手术治疗，手术一定要仔细彻底，尽可能的将囊肿完整切除，防止术后出现复发。手术后还应当注意饮食调理，多吃一些新鲜的蔬菜和水果，避免油腻、辛辣刺激的食物，还应当保持大便通畅，防止便秘或腹泻，防止出现肛门囊肿复发。手术后还应当积极的进行体育锻炼，通过适当的运动，提高机体的免疫力，提高机体的抗病能力，有助于肛门囊肿预防复发。