治疗附睾头囊肿，需要依据附睾头囊肿的严重程度，选择合适的治疗方法。例如大部分附睾头囊肿，如果病情较轻，一般是不需要治疗的。而且大部分轻度的附睾头囊肿，都可以自行吸收。但是附睾头囊肿症状较重人群，例如经常出现附睾疼痛，射精疼痛和精液带血症状，或者是发现囊肿较大时，则可以选择手术的方法治疗。但是由于手术容易损伤附睾管，影响附睾对精液的储存功能，导致精子质量下降影响生育，所以未生育人群应慎重手术。