肛门囊肿的最佳治疗方法，是微创肛门囊肿手术切除。微创肛门脓肿手术，是借助先进的探针配合双氧水灌注的方法，准确的找到患者的全部内口，有效的避免漏诊漏治。在治疗时，一反传统手术将瘘管全部挑开的方式，以微创小切口只对主灶切开，对口引流，对内口和外口分解处理，部分切开部分保留，化复杂为单纯。在治疗疾病的同时，不损伤肛门的功能，将手术创口缩小至三分之二，最大程度减小对机体的损伤。肛门囊肿的患者也要注意自己的饮食，要禁酒、辣椒、生姜、大蒜、肉桂等食物不要吃，因为这些食物都属于辛辣之品，会刺激局部发炎，加重肛门囊肿的病情。服用药物治疗肛门囊肿时，一些药物需忌某些饮食，服清热解毒制剂时应忌鱼、虾、羊肉、香菜、韭菜等。